Skjult etterforskning er et nødvendig verktøy i visse kriminalsaker, men det reiser viktige spørsmål om underretning og rettssikkerhet. I tilfeller der etterforskningen skjer i det skjulte, spesielt i saker som ikke er rettet mot bestemte personer, men heller på en bredere etterforskning av et fenomen som narkotikaomsetning i et lokalmiljø, oppstår det ikke et automatisk krav om underretning ved en eventuell henleggelse. Dette er i henhold til påtaleinstruksen § 17-2, som fastsetter at underretning om henleggelse skal gis til de som forfølgningen har vært rettet mot.
Problematikken blir mer kompleks når skjult etterforskning retter seg mot enkeltpersoner. Selv om slik etterforskning ofte overgår til en åpen fase, der underretning blir mer håndterbar, finnes det tilfeller hvor en skjult etterforskning mot enkeltpersoner må avsluttes uten klarhet. I disse tilfellene kan underretning om etterforskningen være skadelig for potensielle fremtidige oppklaringer.
Riksadvokaten foreslo i 1999 en endring i påtaleinstruksen § 17-2 for å adressere denne problematikken. Det ble foreslått at underretning kan utelates etter avsluttet skjult etterforskning hvis slik underretning kan skade senere oppklaringsmuligheter eller avsløre politiets metoder, spesielt når den etterforskede personen ikke har vært siktet i saken. Dette forslaget ble informelt akseptert, gitt at underretningsplikten historisk sett ikke har ment å inkludere skjult etterforskning. Imidlertid har det ikke vært ressurser til å formalisere denne endringen i påtaleinstruksen. Inntil videre forholder politiet seg til utkastet til denne endringen.
Det er også verdt å merke seg at straffeprosessloven gir muligheter for utsatt underretning om bruk av enkelte tvangsmidler, noe som ble ytterligere utvidet med lovendringer i 1999. Dette illustrerer en kontinuerlig balanse mellom behovet for effektiv etterforskning og viktigheten av å opprettholde rettssikkerheten.